Theo Nghị quyết số 02 của HĐND tỉnh, phạm vi thu phí là vùng biển, đảo nằm trong ranh giới vịnh Nha Trang (từ mũi Kê Gà đến mũi Cù Hin); ngoại trừ các phân khu bảo vệ nghiêm ngặt theo phân vùng chức năng Khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang. Đối tượng thu phí là du khách tham quan di chuyển bằng phương tiện thủy nội địa trên những vùng biển, đảo nằm trong ranh giới vịnh Nha Trang (trừ các phân khu bảo vệ nghiêm ngặt).

Mức thu phí (chưa bao gồm bảo hiểm tai nạn) tham quan danh lam thắng cảnh vịnh Nha Trang như sau: Tuyến 1: đảo Hòn Miễu (Trí Nguyên) 6.000 đồng/người/lượt; tuyến 2: Đảo Hòn Tằm 8.000 đồng/người/lượt; tuyến 3: Đảo Hòn Tre (Vinpearl) 8.000 đồng/người/lượt; tuyến 4: Đảo Hòn Một 8.000 đồng/người/lượt; tuyến 5: Đảo Hòn Mun 10.000 đồng/người/ lượt; tuyến 6: Tổng hợp các tuyến 40.000 đồng/người/lượt. Cơ quan thu phí được để lại 80% tổng số tiền phí thu được để phục vụ công tác quản lý của đơn vị, nộp 20% số tiền phí thu được còn lại vào ngân sách nhà nước.

Các đối tượng được miễn thu phí: Trẻ em dưới 6 tuổi; người khuyết tật; cán bộ, công chức, viên chức, lực lượng vũ trang đang công tác tại các cơ quan, đơn vị trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa được cử đi công tác tại vịnh Nha Trang; cán bộ, công nhân viên, thuyền trưởng, thuyền viên, hướng dẫn viên làm việc tại các điểm du lịch trên các đảo trong vịnh Nha Trang; công dân cư trú tại tỉnh Khánh Hòa; nhân dân ở các xã đặc biệt khó khăn miền núi và vùng sâu, vùng xa được quy định trong Chương trình 135 của Chính phủ; người có công với cách mạng; người thuộc diện chính sách xã hội; người cao tuổi là công dân Việt Nam từ đủ 60 tuổi trở lên.

Đối tượng được giảm 50% mức thu phí: Trẻ em từ 6 tuổi đến dưới 16 tuổi; sinh viên, học sinh của các trường đại học, cao đẳng, trung cấp, THPT, THCS, tiểu học do trường tổ chức tham quan, học tập; hộ nghèo.